（一）直接投入费用项目高新认定与加计扣除区别 

这里应注意直接投入费用科目按《工作指引》归集的高新技术企业研发费口径与税前加计扣除研发费口径的区别，直接投入加计扣除研发费规定如下：

①《国家税务总局公告2017年第40号》第七条第二项规定，企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算确认收入当年的加计扣除研发费用时，应从已归集研发费用中扣减该特殊收入，不足扣减的，加计扣除研发费用按零计算。

②《国家税务总局公告2017年第40号》第二条第二项规定，企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。“产品销售与对应的材料费用发生在不同纳税年度且材料费用已计入研发费用的，可在销售当年以对应的材料费用发生额直接冲减当年的研发费用，不足冲减的，结转以后年度继续冲减。”

如企业取得特殊收入，应在取得收入年度企业所得税汇算清缴时填写研发费用加计扣除优惠明细表（A107012）第46栏；当年销售研发活动直接形成产品（包括组成部分）对应的材料部分填写A107012表第48栏；以前年度销售研发活动直接形成产品（包括组成部分）对应的材料部分结转金额填写A107012表第49栏。

值得注意的是，税务机关在高新技术企业认定审核过程中对此项内容的关注度有不断加强的趋势，所以高新认定辅导显得尤为重要，高新认定成为了很多企业都想要成为的目标。

因此，此项目高新技术企业认定归集的研发费用金额一般情况下会大于企业所得税税前加计扣除的金额。

（二）折旧费用项目高新认定与加计扣除区别 

《国家税务总局公告2017年第40号》第三条规定，折旧费用是指用于研发活动的仪器、设备的折旧费。

这里应注意，同高企认定归集的研发费相比，用于研究开发活动的在用建筑物的折旧费按税法规定不能税前加计扣除。

因此，此项目高新技术企业认定归集的研发费用金额一般情况下会大于企业所得税税前加计扣除的金额。

（三）其他费用项目高新认定与加计扣除区别 

《国家税务总局公告2017年第40号》第六条规定，其他相关费用是指与研发活动直接相关的其他费用，如技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、分析、评议、论证、鉴定、评审、评估、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，差旅费、会议费，职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费。

此类费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。

需注意限额列支的职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费，超过税法规定标准的部分不能加计扣除，企业在其他费用项目归集的《国家税务总局公告2017年第40号》没有列举的内容，如餐费、商标注册费、产品3C认证费等不允许加计扣除。

而《工作指引》规定，对此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除外。

值得注意的是《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）第六条其他相关费用，把研发费用加计扣除的范围增加了科技人员的职工福利费、补充养老保险费、补充医疗保险费三项内容，笔者认为也可将此内容作为高新技术企业研发费人员人工费用归集。

税务师事务所可通过提前介入的方式，对拟申请认定国家高新技术的企业进行事前专项辅导，使其研究开发费和高新技术产品收入会计核算符合国家高新技术企业标准，对已达到标准的企业出具专项鉴证报告，对未达到标准的企业继续辅导，既增加了咨询和鉴证业务，又降低了执业风险，达到企业与事务所双赢，为企业转型升级出谋策划，助力地方经济发展。